Алън Джоунс е роден в Саутхамптън през 1937 г. Три години по-късно семейството му се премества в западен Лондон, в Ийлинг. Интересът му към изкуството се проявява от ранна възраст и през 1955 г. започва да изучава активно живопис и литография в колежа по изкуствата „Хорнси“ в Лондон, където се дипломира четири години по-късно. Още по време на следването любопитството му го отвежда в Прованс, Франция, където открива творчеството на Робер Делоне. Джаксън Полък, когото вижда в галерия „Уайтчапъл“ през 1958 г., също му оказва огромно влияние по онова време.
През 1959 г. Джоунс напуска колежа „Хорнси“ и се записва в Кралския колеж по изкуствата. Преместването ще бъде горчиво преживяване. Той поддържа редовни контакти с други напредничави художници, с които формира първото поколение на британския поп арт: Р. Б. Китаж, Питър Филипс, Дейвид Хокни и Дерек Бошиер. По онова време в неговото обкръжение има остър апетит за новаторство: „Исках да прекрача границите на считаното за приемливо в изкуството. Исках да открия нов език на изобразяване… да се отърся от идеята, че образното изкуство е романтично, че това не е трудно“. За съжаление, новото му учебно заведение не приветства тези художествени промени и Джоунс е изключен в края на 1960 година за назидание. Връща се в „Хорнси“, където завършва през 1961 г. Загърбил разочарованията, през 1961 г. Джоунс участва в изложбата „Млади съвременници“, която е част от годишната изложба на Кралското дружество на британските художници. Тази изложба, в която участват още Дейвид Хокни, Р. Б. Китаж, Били Епъл, Дерек Бошиър, Джо Тилсън, Патрик Колфийлд и Питър Блейк, се смята за събитието, поставило началото на британския поп арт.
Заинтригуван от американското превъплъщение на стила, чийто основоположник в Обединеното кралство е той, Джоунс се премества в Ню Йорк през 1964 г. По време на престоя си в Америка, заедно с приятеля си и художник Питър Филипс, който се присъединява към него благодарение на стипендията „Харкнес“, Джоунс научава, че замисълът на едно творчество трябва да бъде представен възможно най-ясно, и от този момент нататък се стреми да създава осезаеми изображения.
Може би затова, след като се завръща в Лондон, се насочва към скулптурата – жанрът, с който днес е най-известен. Повратната година е 1969 г., когато създава творбата „Стол“ от фибростъкло, която поражда – и продължава да поражда – много спорове. Творбата, вдъхновена от БДСМ и поради това подчертано сексуална и еротична, като че ли опредметява жените, като ги приравнява с мебели. Предполагаемата мизогиния превръща Джоунс в гореща тема за обсъждане и полемика в света на изкуството за десетилетия напред. Всеки път, когато е показвана, творбата предизвиква възражения и обвинения в мизогиния. Вследствие на нееднократни инциденти Джоунс пропуска няколко събития.
През 70-те години на ХХ в. художникът се завръща към живописта на платно и по-опростените форми с ясен акцент върху цвета, който се използва, „за да се въведе представата за движение на фигурата, чрез редуването по диагонал на жълти и зелени ръце“. През 1979 г. художествената галерия „Уокър“ в Ливърпул организира голяма ретроспективна изложба на творчеството му, която по-късно гостува в галерия „Серпентайн“ в Лондон. По-късните творби от 21-ви век отново възприемат скулптурата във вид на монументални стоманени творби, създадени по мотиви на преплетени анонимни фигури. След израстването си като художник и човек той е отново приветстван в света на изкуството, като негови творби са включени в изложбата „Поп арт портрети“ в Националната портретна галерия в Лондон, а в „Тейт Британия“ на него е посветена отделна зала с акварели, рисунки и картини. През 2008 г. в Кралската академия на изкуствата му е предоставена собствена зала с акварели.
Алън Джоунс живее и работи в Лондон.
