Ján Berger nació en Třinec, Checoslovaquia, en 1944. Graduado en la Escuela Secundaria de Artes y Oficios y en la Academia de Bellas Artes y Diseño de Bratislava (bajo la dirección de Ján Mudroch en 1962), su trayectoria personal no fue sencilla. Su partida de nacimiento la expidió el régimen nazi -«un documento de museo», en palabras del artista-, y vivió el proceso de disolución de Checoslovaquia. Sin embargo, a la hora de construir una identidad (artística), esta trayectoria y este pasado complicados han tenido consecuencias imprevistas, pero beneficiosas en los planteamientos de Berger respecto a su obra. Su experiencia personal le ha llevado a cambiar el sentido romántico de la pasión (se describe a sí mismo como un fumador apasionado más que como pintor devoto) por una visión más pragmática y realista del arte. Esta filosofía «con los pies en la tierra» le enseñó los beneficios del compromiso y la adaptabilidad. De ahí su aprecio por lo banal. De hecho, Berger digiere la realidad que le rodea a través de la lente de su experiencia personal, que a su vez alimenta su creatividad e informa su proceso artístico. Su método, que se basa en el campo del color como el prisma a través del cual se combina la información fragmentaria, requiere mucho tiempo. Curiosamente, a pesar del papel y el lugar centrales del color en su proceso, Berger no puede expresar con precisión por qué «la temperatura, la suavidad o la aspereza del color, y tal vez la angularidad» le inspiran más que cualquier otro elemento creativo. Esta reflexión cromática muestra estos motivos en una dicotomía personal entre la naturaleza muerta (el espacio interior) y el paisaje (el espacio exterior). En lugar de oponerlos, Berger concilia estos géneros maniobrando en el entorno, en las fronteras de ambos. Favorece los «movimientos laterales, las desviaciones y los giros» frente al contraste simplista. En este sentido, concibe los paisajes como naturalezas muertas y viceversa.
En 1974, Berger organizó su primera exposición individual en la Galería Nitra. Esta muestra abrió las puertas a muchas otras oportunidades en toda Eslovaquia, como las exposiciones celebradas en Bratislava, Nitra, Senica, Trenčín, Banská Bystrica y Martin.
Berger asumió asimismo responsabilidades académicas por las que es muy conocido, apreciado y respetado en su país natal. En 1987, se le pidió que se hiciera cargo de un estudio de pintura en la Academia de Bellas Artes y Diseño de Bratislava, que dirigió hasta 2008.
La primera exposición retrospectiva de Berger tuvo lugar en 2000 en la City Gallery de Bratislava.